أسر القائد العام توماس توماس "ستونوول" جاكسون هاربرز فيري ، فرجينيا (ويست فرجينيا الحالية) ، ونحو 12000 من جنود الاتحاد بينما ينتقل جيش الجنرال روبرت إي لي شمالًا إلى ماريلاند.

كانت الحامية الفيدرالية داخل هاربرز فيري عرضة لهجوم كونفدرالي بعد غزو لي ماريلاند في سبتمبر. كانت المدينة الاستراتيجية على نهر بوتوماك معزولة عن بقية جيش الاتحاد. أرسل الجنرال جورج ب. ماكليلان ، قائد جيش بوتوماك ، إلى الاتحاد الجنرال ديكسون مايلز ، قائد حامية هاربرز فيري ، لعقد المدينة بأي ثمن. وعد مكليلان بالمساعدة ، لكنه اضطر إلى التعامل مع بقية الجيش الكونفدرالي.

لف جاكسون مدفعيته إلى مكانها وبدأ في قصف البلدة في 14 سبتمبر. كان اليانكيز يفتقرون إلى الذخيرة ، ولم يقدم مايلز مقاومة تذكر قبل الموافقة على الاستسلام في صباح يوم 15 سبتمبر. جاكسون للتفاوض على شروط الاستسلام ، واصلت مدفع الكونفدرالية لاطلاق النار. أصيب مايلز بجروح قاتلة في الطلقة الأخيرة التي أطلقت على هاربرس فيري.

استسلم اليانكيز 73 قطعة مدفعية و 13000 بندقية وحوالي 12000 رجل في هاربرز فيري. وكان أكبر استسلام الاتحاد واحد من الحرب.

أقنع سقوط هاربرز فيري لي بتغيير خططه. بعد تعرضه لخسائر فادحة في 14 سبتمبر في ماريلاند في معركة ساوث ماونتن ، إلى الشمال الشرقي من هاربرز فيري ، كان لي يعتزم جمع قواته المبعثرة والعودة إلى فيرجينيا. الآن ، مع Harpers Ferry آمن ، استدعى جاكسون للانضمام إلى بقية قوته حول Sharpsburg ، ماريلاند. بعد ذلك بيومين ، في 17 سبتمبر ، قاتل لي وماكليلان معركة أنتيتام.